לאחר מותו, החליטה קבוצת אנשים שליוותה את בגין עוד מימיו במחתרת להקים לזכרו מרכז להנצחת מורשתו ופועלו. באפריל 1998, לאחר הקמתה של קרן מורשת מנחם בגין, אישרה כנסת  ישראל את "החוק להנצחת זכרו של מנחם בגין" שהועלה ביוזמת ח"כ ראובן ריבלין, והעניקה למרכז המתגבש מעמד ממלכתי.

ב- 16 ביוני 2004, נפתח לקהל מרכז מורשת בגין, השוכן מול חומות העיר העתיקה. המרכז נחנך בטכס ממלכתי, בנוכחות נשיא המדינה וראש הממשלה, שרים וחברי כנסת, מנהיגים יהודים מהתפוצות, חבריו של בגין ובני משפחתו.

המרכז כולל ארכיון, ספריית עיון, מחלקת חינוך ומכון מחקר, וממחיש בצורה חווייתית את סיפורו של בגין באמצעות מוזיאון אור- קולי ייחודי, המתאר דרך סיפור חייו של ראש הממשלה השישי את אחד הפרקים המרתקים בתולדות מדינת ישראל.

בד' באדר ב' תשנ"ב (9 במארס 1992) הלך מנחם בגין לבית עולמו. בהתאם לצוואתו, נקבר בגין בהר הזיתים, סמוך לקברם של מאיר פיינשטיין ומשה ברזני,
לוחמי המחתרת שפוצצו את עצמם בטרם הועלו לגרדום, שם קבע גם את מקום מנוחתה של אשתו עליזה, שנפטרה ב-13 בנובמבר 1982.

ב-28 באוגוסט 1983 הודיע בגין שבכוונתו להתפטר מראשות הממשלה ולפרוש מהחיים הציבוריים. "איני יכול עוד", סתם ולא פירש. את התפטרותו הגיש ב- 15 בספטמבר אותה שנה. בשנים שלאחר מכן הסתגר בגין בדירתו שברח' צמח בירושלים, ולא יצא ממנה אלא לפקוד את קברה של רעייתו באזכרה השנתית. בני משפחה, קרובים וקומץ ידידים המשיכו לבקרו. בשנה וחצי האחרונות לחייו התגורר בתל-אביב, ביחד עם בתו לאה.

ב-13 בנובמבר 1982 הלכה לעולמה עליזה בגין, רעייתו של מנחם בגין. עליזה שסבלה במשך שנים ארוכות ממחלת ריאות קשה נפטרה עת שהה בגין בביקור רשמי בארה"ב. עליזה נקברה בהתאם לצוואתו של בגין לצד לוחמי המחתרות מאיר פיינשטיין ומשה ברזאני בהר הזיתים.

מערכת הבחירות לכנסת העשירית היתה אחת ממערכות הבחירות הסוערות והטעונות בתולדות המדינה. במהלך הבחירות התפרצו רגשות סוערים בקרב בני עדות המזרח, אשר התקוממו על הפערים העדתיים בחברה. בעצרת של סיעת המערך השמיע איש הבידור דודו טופז הערה גזענית כלפי המזרחיים ולעג על כך ש"הצ'חצ'חים הם במצודת זאב", והתבטאותו המזלזלת עוררה התקוממות. בעצרת הליכוד שנערכה למחרת הגיב בגין לדבריו בנאום כריזמטי במיוחד כאשר הרעים בקולו, וקרא לאחדות: "יהודים! אחים! לוחמים!". בבחירות, שנערכו ב-30 ביוני 1981, נעשתה הליכוד בשנית למפלגה הגדולה ביותר וקיבלה 48 מנדטים, ושוב, מנחם בגין היה לראש הממשלה.

על-מנת למנוע מעיראק להמשיך ולפתח נשק גרעיני ולאחר שכשלו מאמצים מדיניים לעצור מזימתו של סאדם חוסיין, החליטה ממשלת ישראל להשמיד את הכור האטומי באוסירק, שבנייתו עמדה לפני סיום. קדמו להחלטה דיונים רבים ומעמיקים עם ראשי מערכת הבטחון בנוגע לסיכויי ההצלחה של מבצע נועז שכזה. ב-7 ביוני 1981 יצאו מבסיס עציון שתי רביעיות של מטוסי F-16 בדרכן לעיראק. שכור הושמד כליל וכל הטייסים שבו בשלום. לאחר שממשלת ישראל לקחה אחריות על המבצע נמתחה ביקורת הן מבית והן מהקהילה הבינלאומית; ארה"ב אף הגדילה לעשות ועיכבה למספר חודשים את אספקת מטוסי F-16 לחיל האוויר הישראלי. מנחם בגין לעומת זאת ראה בהתקפה פעולת הצלה למען ילדי ישראל. לימים, התגבשה ההערכה כי השמדת הכור היתה חיונית גם להבטחת בטחונו של העולם המערבי כולו.

במטרה להגיע להסכם שלום בין המדינות, כינס נשיא ארה"ב ג'ימי קרטר ועידה בקמפ-דייויד. בתום 13 ימי הוועידה נחתמו הסכם מסגרת לשלום עם מצרים והסכם מסגרת לשלום כולל במזרח התיכון, אשר כלל הצעת אוטונומיה לפלסטינים. ההסכמים הושגו לאחר דרמה סוערת: הייתה בכוונתו של קרטר לצרף להסכם נספח המעמיד בספק את מעמדה של ירושלים ובגין הודיע כי יסרב לאשר זאת, ואף איים לעזוב את הוועידה.
הצלחתם של בגין וסאדאת לקדם את השלום בין המדינות, זיכתה את שני המנהיגים בפרס נובל לשלום אשר הוענק להם באוסלו, נורבגיה. את כספי הפרס הפנה בגין להקמת קרן מלגות ע"ש עליזה ומנחם בגין, המעניקה מדי שנה סיוע לסטודנטים. לאחר ניהול מו"מ מפורט ולאחר הבאת ההסכם לאישור הכנסת, נחתם ב-26 במרץ 1979 הסכם השלום עם מצרים על מדשאת הבית הלבן בוושינגטון.

בליל ה-17 במאי 1977, לאחר שהתמודד ב-8 מערכות בחירות, זכה בגין בניצחון הגדול והפך למנהיג הרוב בכנסת, בעוד שבמחנה השמאל נשמעו גם קריאות מחאה, כגון קריאתו של אחד מבכירי מנהיגיו, יצחק בן אהרון – "העם טעה".
בשעה 1:00 אחר חצות הגיע בגין לאולם העצמאות במצודת זאב. מוקף בבני משפחתו ובתומכים, אמר דברי הוקרה לרעיו ולעמיתיו הפוליטיים, ובסיום הנאום הודה לרעייתו עליזה: "זכרתי לך חסד נעורייך, אהבת כלולותייך, לכתך אחרי במדבר, בארץ זרועת מוקשים."
כעבור חודש הציג בגין את ממשלתו החדשה בפני הכנסת, קיבל את אמונה והפך לראש הממשלה השישי של מדינת ישראל. בנאום השבעתו אמר, "נעשה [עבודתנו], חברי ואני, במסירות, בנאמנות, במצפון טוב, בלב בוטח ובאמונה כי בעזרת השם ניטיב עם העם".
החלטתו הראשונה כראש הממשלה היתה עריכת מחווה הומניטארית כלפי פליטים מווייטנאם שנדחו על ידי מדינות רבות. בגין הורה לקלוט בארץ 66 פליטים שנאספו ע"י אוניית סוחר ישראלית והזכיר את הספינות עם פליטים יהודים בשנות ה-30, ובהמשך הורה על קליטת 1700 פליטים וייטנאמים נוספים.

במישור הכלכלי, פעל בגין לפיתוח אווירת כלכלה חופשית ברוח מדינות המערב. במסיבת עיתונאים דרמטית שנערכה ב-29 באוקטובר הכריזו בגין ושר האוצר שמחה ארליך על הסרת הפיקוח על מטבע-חוץ, בדרך ליצירת ליברליזציה במשק והרחבת חירות הפרט תוך הקטנת מעורבות הממשלה. החלטותיו של בגין היו המהלכים הראשונים בדרך להפיכת הכלכלה הישראלית לכלכלה מערבית, המונעת על-ידי יוזמה פרטית.
במישור המדיני, הכריז בגין כי משימתו הראשונה היא עשיית שלום עם מדינות ערב. באוגוסט 1977 הוא יצא למפגשים מדיניים ברומניה, אשר הולידו מגעים עם מרוקו שהביאו לפגישת ראש המוסד עם המלך חסן, ובהמשך נשלח למרוקו משה דיין, שר החוץ דאז, לפגישה עם יועצו של סאדאת, חסן תוהאמי.
התמורות המדיניות הובילו את נשיא מצרים אנואר סאדאת להכריז כי הוא מוכן להגיע לכנסת ולהתחיל במו"מ ישיר עם ישראל. בגין נענה לקריאתו, ובמוצאי שבת, 19 בנובמבר 1977, נחת הנשיא המצרי בישראל. בנאומו בכנסת הכריז בגין כי "המלחמה היא נמנעת; השלום הוא בלתי נמנע", ותהליך השלום יצא לדרך.

לקראת הבחירות לכנסת השמינית הוקמה "הליכוד". התנועה הורכבה ממספר מפלגות וכללה את גח"ל, הרשימה הממלכתית, "המרכז החופשי" והתנועה למען ארץ ישראל השלמה. תוצאות הבחירות הראו מגמה של ירידה נוספת למערך ועליה נוספת לליכוד: הליכוד זכה ב- 39 מנדטים לעומת 51 מנדטים למערך, ובגין הצהיר כי בפעם הראשונה קיים רוב מוצק בכנסת המתנגד לחלוקת ארץ ישראל המערבית.

במאי 1967, בעקבות ההידרדרות במצב הביטחוני ולנוכח איומיהן של מדינות ערב לפתוח במלחמה נגד ישראל, פנה מנחם בגין ללוי אשכול בבקשה לצרף את בן-גוריון לממשלה כדי להפיח תקווה מחודשת בציבור. אשכול הסתייג, אך ביקש לצרף את גח"ל לממשלת ליכוד לאומי, ובגין ביקש להעביר את תיק הביטחון לידי משה דיין.
בראשון ביוני החל בגין החל להשתתף בישיבות הממשלה וב- 5 ביוני, יום פריצתה של מלחמת ששת הימים, הושבע כשר בלי תיק באישורה של הכנסת. תרומתו הייתה מכרעת בקבלת ההוראה לשחרר את העיר העתיקה בירושלים ובהחלטה לאחד את העיר.

ב-1965, לאחר עשור של גישושים, החליטו נציגי תנועת החרות והמפלגה הליברלית ליצור גוש פרלמנטרי אחד – גח"ל – בראשותו של מנחם בגין. צעד זה העניק לבגין לגיטימציה נוספת והפך אותו לראשונה לאלטרנטיבה שלטונית אמיתית לשלטון מפא"י. ברם, בבחירות לכנסת השישית קיבל גוש חרות-ליברלים 26 מנדטים, אף כי התחזיות צפו כי יזכה במספר גבוה יותר.

מנהיג התנועה הרוויזיוניסטית הורה בצוואתו כי עצמותיו יועלו רק בפקודת ממשלה יהודית, אך עם קום המדינה, סירב בן-גוריון לעשות את הצעדים הנחוצים בנדון. לאחר שנבחר לוי אשכול לעמוד בראש הממשלה, הוא הסכים להיענות לבקשתו של בגין ולאשר את הבאתו של ז'בוטינסקי לקבורה בהר הרצל, אך קבע שהמדינה לא תשתתף במימון טקס הקבורה.
ביולי 1964 הועלו עצמותיו של ז'בוטינסקי לארץ. שם האירוע שנכתב בהזמנות בנאומים ובעיתונים היה "שב למולדת". מאות אלפי אנשים מרחבי העולם הגיעו למסע הקבורה המחודש וליוו את הארון בדרכו מתל אביב לירושלים. האירוע המרגש היה לאחת מנקודות המפנה בהתייחסות הציבור כלפי בגין, שהלכה ונעשתה חיובית ואוהדת יותר.

בעקבות תבוסתה של תנועת החרות בבחירות לכנסת השנייה, עת קיבלה שמונה מנדטים בלבד, הודיע בגין על התפטרותו מראשות התנועה ואולם, חברו, יוחנן באדר, לא מסר את מכתב התפטרותו ליו"ר הכנסת. לאחר חופשה בת חודש באירופה, שב בגין לארץ והתחיל להתמחות במשרד עורכי-דין, כדי להתכונן לבחינות להשגת רישיון לעבודה כעורך-דין. מספר חודשים מאוחר יותר התגלה כי הממשלה, בראשותו של דוד בן-גוריון, מתכוונת לחתום על הסכם שילומים עם גרמניה. בגין, אשר התנגד לכך באופן חריף, החליט לשוב לזירה הפוליטית וחזר לעמוד בראש תנועתו כדי להנהיג את המאבק בנושא.
הסכם השילומים עורר מחלוקת ציבורית עזה. ראשיתה במושב החורף תשי"ב (1951), אז ביקשה הממשלה מהכנסת לייפות כוחה לשאת ולתת עם ממשלת גרמניה על מתן שילומים למדינת ישראל. בגין תקף את ההסכם המתגבש בשל ניסוחיו הבעייתיים – ההסכם הוצג כמעין דרך לתיקון העוול ולטיהור רצח העם שבוצע בידי הגרמנים, וכן משום שהתשלומים שהוצעו כלל לא שיקפו את הסכום האמיתי שנשדד ונגזל מהעם היהודי באירופה.
ב-7 בינואר התקיים דיון בנושא בכנסת, אשר שכנה אז ברח' המלך ג'ורג' בירושלים, בטרם הדיון, נשא בגין נאום סוער בפני עצרת המונים בכיכר ציון הסמוכה, ולאחר מכן שב למליאת הכנסת, שם ספג עלבונות מבן-גוריון. בגין הטיח בו בתגובה דברים קשים, וכשסירב לחזור מדבריו הורחק לשלושה חודשים מהמליאה. לאורך הדיון התלהמו הרוחות ברחבת הכנסת. המאבק על הסכם השילומים הפך להפגנה אלימה, במהלכה התנגשו המפגינים עם כוחות המשטרה ויידו אבנים לעבר הכנסת, שניפצו את חלונות הבניין.

ב-12 במאי 1948, שלושה ימים לפני פינוי השלטון הבריטי מארץ-ישראל, התכנסו חברי מועצת העם בראשות דוד בן-גוריון כדי לדון האם להכריז על הקמת המדינה עם צאת הכובש הבריטי מן הארץ. הידיעות על ההכנות בקרב מדינות ערב לפלישה, כמו גם המחסור בנשק ובציוד, הובילו את חברי המועצה לשקול בחיוב את דחיית ההכרזה. בגין, כמפקד האצ"ל, הודיע שאם חברי מועצת העם לא יכריזו על הקמתה של מדינה עברית יעשה כן האצ"ל, ופרסם את ההצהרה בעיתון המחתרתי "חרות". 'איום' זה סייע לבן-גוריון לגבור על המתנגדים להכרזה מיידית על הקמת המדינה, וההחלטה עברה על חודו של קול. בנאום ששודר ברדיו המחתרתי במוצ"ש, 15 במאי 1948, הודיע בגין: "היו דרושים עשרות דורות של נדודים מארץ שחיטות אחת למדינת פוגרומים שנייה; (…) היה דרוש עמל של דורות חלוצים ובונים; והיתה דרושה התקוממות מורדים, מוחצי אויב, עולי גרדום ונודדי ימים ומדבריות- כדי שנגיע עד הלום."

ב-11 ביוני 1948 יצאה אניית האצ"ל "אלטלנה" מנמל בצרפת ועליה כ-900 עולים ומטען גדול של נשק ותחמושת. כבר חודשים לפני כן עודכנו חברי ה"הגנה" בדבר האוניה ואף התנהל מו"מ עם נציגי הממשלה על חלוקת הנשק שעליה, אך כאשר הגיעה האנייה לתחומיה של ארץ-ישראל, סירבו נציגי המדינה הזמנית לבקשות האצ"ל. עם הגיעה של האנייה לכפר-ויתקין כותר המקום בידי כוחות צבא ולבגין ניתן אולטימאטום של עשר דקות בלבד כדי להחליט על גורלה. בגין ביקש להשיג את נציגי הממשלה הזמנית, אך בעודו מנסה ליצור עמם קשר נפתחה אש עליו ועל האנשים על החוף. בגין עלה על האנייה במטרה להגיע לתל-אביב, אולם מול חוף פרישמן האנייה עלתה על שרטון ונורתה עליה אש מכל עבר. בגין הורה לאנשי אצ"ל שלא להשיב אש, אך בן-גוריון ציווה להפגיז את האנייה. היא התלקחה באש וכל נוסעיה ברחו למים, כשחלקם נורו למוות בעודם בין הגלים.

בגיל 35 הפך מנחם בגין לראש מפלגה: "תנועת החרות מיסודו של הארגון הצבאי הלאומי" נרשמה במשרד הפנים של המדינה החדשה, ובגין נבחר באופן טבעי לעמוד בראשה. בין מטרות התנועה: שחרור חבלי המולדת משתי גדות הירדן, הקמת מדינת ישראל כמדינה בעלת צביון יהודי, ביצור ערכי הדמוקרטיה ואשרורם בחוקה, הפרדת הרשויות העליונות מן הרשות השופטת וביטול התקנות לשעת חרום והממשל הצבאי. בתחום הכלכלי פעלה התנועה להגבלת הפיקוח הממשלתי בנושא, וליצירת שוק חופשי בשילוב מנגנוני הגנה סוציאליים לנזקקים.
בעשורים הראשונים סבלה התנועה מיחס של דה-לגיטימציה: בן-גוריון קבע כי על הקואליציות לנהוג במדיניות "בלי חרות ומק"י", נמנע מלקרוא לבגין בשמו והתייחס אליו כ'איש היושב ליד חבר הכנסת באדר' ואף כינה אותו 'טיפוס היטלראי'. ברם, בגין הצליח להפוך את "חרות" ממפלגת אופוזיציה נטולת השפעה שלטונית לאופוזיציה ראשית ולבסוף, למפלגה המרכיבה את הממשלה.
בבחירות לאסיפה המכוננת שהייתה לכנסת הראשונה, זכתה תנועת החרות ב-14 מנדטים. רשימה נפרדת, של חלק מהמפלגה הרביזיוניסטית אשר לא קיבלו על עצמם את מנהיגותו של בגין לא עברה את אחוז החסימה, ולאחר הבחירות הוקמה מסגרת חדשה ומאוחדת: ברית חרות-הצה"ר.
מנחם בגין ראה את חובתו באופוזיציה להיות שומר לדמוקרטיה במדינה, והשתדל שלא להיעדר ממליאות וישיבות.

במשך כשנה וחצי שירת בגין בצבא הפולני המוצב בארץ ישראל. חבריו ובראשם מפקד האצ"ל יעקב מרידור ביקשו למנותו למפקד הארגון, בגין סירב לערוק מן הצבא אליו התגייס. עם זאת, הוא נטל חלק פעיל בתנועה, נשא נאומים בפני חבריה ואף עסק בכתיבה פובליציסטית תחת שם בדוי. לאחר שהושגה לו חופשה רשמית מהצבא הפולני, קיבל עליו בגין את המינוי של מפקדת האצ"ל כמפקד הארגון. למעלה מארבע שנים פיקד על הארגון במחתרת, ולאורך כל התקופה נרדף על-ידי הבולשת הבריטית ואף על-ידי הנהגת היישוב היהודי בארץ. האיומים המתמידים אילצו את משפחת בגין לנדוד בין מקומות מסתור שונים, וחייבו את בגין לאמץ לעצמו זהויות בדויות, כמו כמו 'רבי ישראל ססובר' ויונה קניגסהופר.
ב-1 בפברואר 1944 פרסם בגין את הכרזת המרד של האצ"ל כנגד השלטון הבריטי בארץ-ישראל, שתבעה להעביר את השלטון לממשלה עברית זמנית באופן מיידי. כשבועיים לאחר ההכרזה, פוצצו לוחמי הארגון את מחלקות העלייה של הבריטים בירושלים, בחיפה ובתל-אביב, וכשבועיים לאחר מכן פוצצו את משרדי מס ההכנסה בשלוש הערים הללו. לאחר כחודש הותקפו המטה הארצי ומטה הבולשת של הבריטים בירושלים, הושמד מטה הבולשת המחוזית ביפו ופוצץ מטה הבולשת בחיפה.

ראשי היישוב היהודי בארץ-ישראל חששו כי פעולות האצ"ל יערערו את היחסים עם השלטון הבריטי, ופנו לבגין בדרישה להפסיקן. הם טענו בפניו כי הדבר פוגע במאמץ הציוני ונוגד את מרות המוסדות הלאומיים, והצהירו כי אם הפעולות תימשכנה, הם לא יהססו לפגוע, פיזית, באנשי הארגון. בגין דחה את האיומים, אך מנהיגי הישוב המאורגן היו נחושים לסכל את פעולות הארגון הצבאי הלאומי. באוקטובר 1944 הוטל על ה"הגנה", ביוזמת ראשי הסוכנות היהודית, לנקוט בצעדים אלימים נגד "ארגוני הפורשים". במשך כחצי שנה, אשר נודעה כתקופת "הסזון", סבלו אנשי האצ"ל מחטיפות,מעצרים והלשנות, איומים פיזיים, הכאות ועינויים שנועדו לשתק את פעילותם. הנהגת היישוב אף הסגירה לידי הבריטים שמותיהם של מאות פעילי אצ"ל; חלקם הגדול נעצר ורבים מהם נשלחו לגלות והושמו במחנות-הסגר באפריקה. למרות תחושות התמרמרות גוברת, אך בגין עצר את אנשיו מלהגיב.

בריטניה המשיכה במדיניותה האנטי-ציונית גם לאחר סיומה של מלחמת העולם השניה. לפיכך, הוקמה מסגרת חדשה של תיאום בין המחתרות למען מאבק צבאי משותף נגד השלטון המנדטורי, והיא "תנועת המרי העברי". בוצעו פעולות צבאיות רבות בכל רחבי הארץ כגון "ליל הגשרים" ו"ליל הרכבות". הידועה שבהן, היא ההתקפה על המפקדה הראשית של הצבא הבריטי ומשרדי המזכירות הממשלתית, ששכנו באגף הדרומי של מלון המלך דוד בירושלים. חברי האצ"ל, אשר הוטל עליהם את המשימה, העבירו לכוחות הבריטים הודעות טלפוניות הקוראות להם לפנות את המלון על-מנת למנוע פגיעה בחיי אדם. אולם האחראים הבריטים לא שעו לאזהרות ו-91 אנשים מצאו בפיצוץ את מותם. תוצאותיה הקשות והבלתי-צפויות של הפעולה הובילו את מוסדות היישוב לפרק את תנועת המרי ולהימנע מפעולות צבאיות נוספות נגד הממשל הבריטי.

שנת תש"ז (1946 – 1947) הייתה שנת שיא בפעולות האצ"ל. במאי, פרצו חברי האצ"ל את כלא עכו, אולם במהלך הפעולה, שזכתה להד תקשורתי בעולם, נתפסו שלושה מהלוחמים – יעקב וייס, אבשלום חביב ומאיר נקר – והבריטים דנו אותם למוות בתליה. בתגובה, חטף האצ"ל שני חיילים בריטים, ואיים כי תחת גרדום בריטי יהיה גרדום עברי.. ממשלת המנדט לא שעתה לאיומי המחתרת: ב-29 ביולי הועלו הלוחמים לגרדום, ומנחם בגין הורה לעשות דין זהה עם הבריטים: הסרג'נטים נתלו, וגופותיהם הועברו לחורשה ליד נתניה. הדבר עורר זעזוע בבריטניה שהוביל את ממשלת המנדט להפסיק את 'מדיניות הגרדום', ואף עורר בבריטים את ההבנה כי אינם יכולים עוד למשול בפלשתינה.
—————-
על מנת להפסיק את התקפות הדמים מצד יפו על שכונותיה של תל-אביב, נאספו ב-25 באפריל 1948 כ-600 לוחמי האצ"ל לפקודת קרב ולראשונה, נגלה בפניהם מפקדם, מנחם בגין. "אנו יוצאים לכבוש את יפו", קרא. "על נשים וילדים לחמול. מי שמרים ידו לאות כניעה, הציל את נפשו. שבוי הוא בידיכם, לא תפגעו בו." לאחר יותר מיומיים נכבשה שכונת מנשייה על ידי האצ"ל. הניצחון הוביל למנוסה של תושבי העיר הערביים ולהתערבותם של הכוחות הבריטים.

כבר בילדותו, ביטא בגין את שאיפתו להיות לעורך-דין כדי "לעזור לחלכאים ולנדכאים", ובבגרותו אכן למד את התחום. ב-1931 החל בגין ללמוד בפקולטה למשפטים באוניברסיטת וארשה, ובתום ארבע שנות הלימודים הוסמך למשפטים בעל תואר "מאגיסטר יורי". .בזמן לימודיו התפרנס בגין ממתן שיעורים פרטיים ונעזר במלגות, אך לעיתים, כאשר דמי הכלכלה לא הספיקו, נאלץ לישון בלילות על ספסל בגן הציבורי. למרות תנאי הדוחק, הוא לקח חלק פעיל בחיי הסטודנטים, והיה בין ראשי מארגני ההגנה העצמית של הסטודנטים היהודים נגד פורעים אנטישמים.

ילדי משפחת בגין לקחו חלק בתנועות הנוער היהודיות בעירם. בתחילה, בגין הצטרף לתנועת "השומר הצעיר", אשר פעלה בראשיתה כארגון צופים, אולם עם הפיכתה לתנועה בעלת אוריינטציה מרקסיסטית פרש ממנה והצטרף לתנועת הנוער בית"ר, מיסודו של זאב ז'בוטינסקי. מנחם בגין היה לפעיל מרכזי בתנועה, ולימים הפך למפקד גליל בריסק. בזכרונותיו, הוא סיפר: "קסמה לי בבית"ר הציונות השלמה, ארץ ישראל, מדינה יהודית בקרוב בימינו."
ב- 1930 שמע לראשונה בחייו את זאב ז'בוטינסקי, מקים הגדודים העבריים ומנהיג המפלגה הרביזיוניסטית ותנועת בית"ר, אשר ביקר בבריסק. לימים יגדיר את הרושם שעשה עליו ראש בית"ר כך: "הנכבשת? – לא. למעלה מזה, נתקדשת".

מנחם בגין נולד בברסט-ליטובסק, היא העיר בריסק שבליטא, בי"ג באב תרע"ג (16 באוגוסט 1913) להוריו זאב-דב וחסיה לבית קוסובסקי, ולאחיו הגדולים הרצל ורחל. שמו, מנחם, ניתן לו כיוון שנולד בשבת "נחמו". אביו התפרנס כמזכיר הקהילה היהודית בעיר והיה מראשוני הציונים במקום, ובית משפחת בגין היה מוקד לדיונים סביב גורל העם היהודי וארץ ישראל. עם פרוץ מלחמת העולם הראשונה, עת היה מנחם בגין פעוט בן שנה, נאלצו בני המשפחה לנטוש את ביתם ולנדוד בכפרים ובעיירות במזרח פולין. בתום המלחמה חזרו לבריסק ואז החל מנחם בלימודיו – תחילה ב"חדר" ולאחר מכן בבית הספר היהודי "תחכמוני" של זרם "המזרחי". כישוריו הרטוריים של בגין ניכרו בו כבר מילדות, ואת נאומו הפומבי הראשון הוא נשא בהיותו בן עשר בלבד: בחגיגות ל"ג בעומר מטעם הקהילה הציונית בבריסק הוא נאם בפני ילדי העיר על חשיבות המועד, הקשור בקוממיות לאומית. את לימודיו התיכוניים עשה בגין בגימנסיה הממשלתית הפולנית. הוא לא חשש להיאבק על זהותו היהודית וסירב לכתוב מבחנים בשבת, אף שנענש על כך.
.