20 בספטמבר 1940 | אסיר בכלא הסובייטי

עם הידיעות על התקדמות הצבא הגרמני נאלצו בגין ואשתו לעזוב את העיר, ביחד עם חברי נציבות בית"ר וחברי תנועות אחרות, ועשו את דרכם לווילנה. על אף שהוצע לו סרטיפיקט המאפשר עלייה לארץ ישראל, נשאר בגין בווילנה וניסה לארגן מחדש את פעילות התנועה באירופה הכבושה. ביולי 1940, כאשר ליטא הפכה לרפובליקה סובייטית, נאלצו בגין ורעייתו להתרחק אל פרברי העיר, שם הסתתרו אצל משפחה קתולית ביחד עם ד"ר ישראל אלדד (אז – שייב) ורעייתו. אולם השלטונות הסובייטים התחקו על עקבותיו לאחר זמן קצר. ב-20 בספטמבר 1940 הגיעו סוכני ה-"נ.ק.וו.ד", המשטרה החשאית הסובייטית, לעצרו, ובגין, שהיה מודע לסבל הצפוי לו, הצטייד עמו בספר תנ"ך. במשך שמונה חודשים נכלא בכלא לוקישקי בתנאי קור ורעב קשים, ונחקר על פעילותו הציונית. בתום תקופת המעצר הוא נשפט שלא בפניו, ונקבע כי יישלח למחנה עבודה מתקנת לתקופה של שמונה שנים. בגין נשלח לפצ'ורה שבצפון רוסיה, שם הוטלה עליו עבודת פרך. ספרו "בלילות לבנים" מתאר תקופה קשה זו.
ב-1941, עם פלישתה של גרמניה לברית-המועצות, הוחלט לשחרר נתינים פולנים מבתי הכלא הסובייטים כדי להקים באמצעותם צבא פולני שילחם בגרמנים. כך, בספטמבר 1941 השתחרר בגין ממחנה העבודה והתגייס לצבא הפולני, בפיקודו של גנרל אנדרס. בגין ניסה להגיע ארצה, ובאפריל 1942,הצליח להגיע לארץ-ישראל ולהתאחד מחדש עם רעייתו, אשר הגיעה לארץ ב-1940. רק לאחר הגיעו לארץ נודע לו על גורלם המר של משפחתו: הוריו, אחיינו ארי ואחיו הרצל נרצחו בידי הגרמנים. רבים מבני העיר הוטבעו בנהר ואביו של מנחם בגין עמד בראשם, ואף עודד אותם לשיר את שירת התקווה בטרם נרצחו.