מיד לאחר פטירתו של מנחם בגין התאספו קבוצה של מוקירי דרכו שליוו אותו מראשית דרכו הציבורית הן בפעילותו בתנועת בית"ר, כמפקד האצ"ל, מקים תנועת החרות וכראש הממשלה השישי של מדינת ישראל. אישים אלו החליטו על הקמת קרן מורשת מנחם בגין שמטרתה להנציח את מורשתו פועלו למען הדורות הבאים.

בשנת 1993 הוקמה עמותה רשמית (ע"ר 580230001), "עמותת קרן מורשת מנחם בגין", כקרן להנצחת זכרו ופועלו של מנחם בגין. במטרות הקרן קבעו חברי העמותה: ליזום, להקים ולקיים מפעלים להנצחת מורשתו של מנחם בגין ולהקים את מרכז מורשת מנחם בגין בירושלים.

לאחר שהשלימה הקרן את מלאכת הקמת בניין הקבע של מרכז מורשת בגין בירושלים, ממשיכה הקרן לפעול ולגייס כספים למען הבטחת קיום המרכז ופיתוחו. הקרן תומכת בפעילות ההנצחה והחינוך המתקיימים בקרב מערכת החינוך, מערכת הביטחון, אוניברסיטאות ונוער יהודי בתפוצות.

לצורך הגשמת מטרות הקרן נערכות מגביות, התרמות וגיוס משאבים בדרכים שונות. לקרן מורשת בגין משרד ראשי בירושלים וסניפים בארה"ב, קנדה ואנגליה.